看来提问者已经持有往来港澳通行证，你在广州，可以由你在南京的亲戚代办，只需要提交你本人身份证的复印件、代办人的身份证原件及复印件、你户口簿原件及复印件、你委托代办人代办的书面委托、你的有效往来港澳通行证，到南京市局出入境管理处办理。当然，你的代办人可以在南京市公安局出入境管理处大厅里通过自助申请机办理，可以免去填表之累。
你可以申请三个月一次、三个月两次、一年一次、一年两次的个人赴港澳地区旅游，费用是一次的20元，两次的40元，如果是港澳两地，再累加就是了。以上签注每次在港澳的停留期都不得超过7天。时间的话，应该说，不会太长时间，尤其你是二次签注，用不着10个工作日的。
你还可以在南京申请特快专递，可以将办好的证件直接寄到广州你的手上。关于过境的问题，应该说没有什么问题的，你拿的是港澳自由行的签注，自己走或随团走都可以，从广州有穗港直通巴士，还可以从广州坐船去香港，当然了，你坐车到罗湖口岸或拱北口岸，步行过关也是可以的。
现在的通关效率也挺快。广州直通巴士从皇岗过关，效率还可以。你还可以从一些小的口岸过关，人会少点。

赴港澳签证问题？

和跟不跟团沒關係, 自由行也可,

但大前提是香港-澳門加起來不可超過7天, 否則仍要1次香港1次澳門簽

是的,从香港到澳门,澳门是作为香港的附属游,所以只要香港一次签注就行