首先，你既然有入台证，那么入台肯定是没问题的了，用入台证和入台证上面写的证件（你的上面应该是写护照号吧）入台就可以了。

其次，在澳门值机的时候一样也是用入台证和护照就可以了，这是没问题的。

最后，就是上海到澳门段，如果你有港澳通行证，那么自然就没问题的。可是如果你没港澳通行证的话，我不确定上海海关会不会放你出境。理由如下：

1、你懂的，为什么会有独立的港澳通行证、台湾通行证，为什么不统一用护照就好，就是面子问题，护照用于出国，而那些地方是要被称为中国的，所以只能搞出很多的证件来。所以，你没港澳通行证去澳门的话，很多情况下是不会放你出境大陆的。
2、如果你有大通证，去澳门转机飞台湾，那么OK的，大陆海关是会让你出境的，但是你说了你没有大通证。
3、如果你有第三国签证（或者去双免签国家）和澳门飞第三国的机票，那么你也可以用护照出境大陆。但问题你是澳门飞台湾，在这里护照就不管用了啊，原因就是第一点提到的。

所以结论就是，你问一下出上海飞澳门段的航空公司，是否能给你值机办理登机牌，如果它们说OK的可以的，那么你到时候拿了登机牌后，走自助通道用护照出境去候机厅，因为我感觉如果走人工通道的话，也许会被刁难，海关边检人员业务能力相差很大，有些根本就什么都不懂，我之前在浦东就遇到过一次不给我出境的。