档案放在毕业生就业指导中心和人才交流市场的人事档案代理是不同性质的两个问题。

毕业生就业指导中心是对在择业期（一般以报到证的有效期为限）内尚未就业的毕业生档案的临时保管，不是人事管理工作，不任何人事管理事项。而人才交流市场的人事档案管理，是依据《流动人员人事档案管理暂行规定》，接受流动人员的委托而进行的人事档案管理，可以就业、转正、定级、晋升、职称评定等人事管理事项。毕业生就业指导中心是对在择业期内尚未就业的毕业生档案的临时保管一般是免费的。而人才交流市场的人事档案管理，虽然不以赢利为目的，但其原则“服务为主，适当收费”，还是要收费的。