学院坚持教学与科研相结合的原则，围绕高可信计算与信息处理及计算机系统集成的研究方向，积极开展高性能计算、网格技术、智能信息处理、软件形式化方法、网络与多媒体和容错计算等领域的科学研究。
学院设立了“先进计算和应用中心”及“网格技术研究室”等八个研究室，是上海市教委“高校网格技术 E-研究院”-----上海市高性能计算机与网格技术研发平台的主体研究力量，也是上海大学先进计算和应用中心，上海大学高性能计算中心，上海市上大多媒体研究中心-----上海市多媒体应用技术研究中心三个跨学科研究基地的依托单位，年均科研经费在千万以上。学院自成立以来，已完成或正在完成的***和省部级项目近200项。在上海市科委的支持下，由李三立院士主持完成了集群式高性能计算机“自强2000”，标志着我院在并行计算机研究方面达到了国内的先进水平。该项成果获2001年上海市科技进步一等奖。目前集群式高性能计算机“上大自强3000”也已投入运行，上海高校网格主结点上大自强3000高性能计算机峰值速度为2.15万亿次/秒，Linpack值测试为1.51万亿次/秒，系统效率高达70%。在2004年全球超级计算机TOP500排名列126位，计算速度领先于剑桥等英国大学，日本多数大学，俄罗斯各大学所拥有的超级计算机。2004年中国TOP 100名列第6位，国内高校名列第2位，达到当时的国际先进水平。截止2004年底，学院共获国家、省、部（市）级科研成果奖30多项。此外，学院还积极开展与国内外的学术交流，多次主办国际会议。
