同济大学医学院最好的专业自然是临床医学的本硕连读（现在叫临床医学5+3一体化培养），关于具体的临床医学方向，同济大学拥有两个上海市重点学科（胸外科重点学科和护理学科重点学科）、三个上海市重点专科（心力衰竭诊治重点专科、口腔种植修复重点专科和创伤骨科重点专科）。