1950年1月12日，解放军代表组进驻华西协和大学。

1951年10月6日，人民政府正式从外国教会手中收回华大的教育主权。1952年院系调整中，华西协和大学被肢解，学校医学院接收了重庆大学医学院后建立四川医学院（1953年定名为四川医学院，20世纪80年代改成华西医科大学，2000年并入四川大学，成为如今的四川大学华西医学中心，原校区也成为了现在的四川大学华西校区)；文理哲学院被合并，藏品丰富的历史博物馆则调整到川大，其中社会学系及民族学(即人类学)组于半年后年从四川大学划并入西南民族学院(今西南民族大学)；工学院被合并给成都科技大学(1997年与四川大学合并为四川联合大学)；农学院被合并给四川农学院（今四川农业大学，迁至雅安)。