厦门大学主要院系有： 人文学院设有中文系、历史系、哲学系、人类学与民族学系 4 个系和中国语言文学研究所、历史研究所、美国史研究所、古籍研究所、哲学研究所、宗教学研究所、人类学研究所 7 个研究所。

外文学院有英语、日语、法语、俄语、德语 5 个本科专业， 4 个硕士点（英语语言文学、日语语言文学、法语语言文学、外国语言学及应用语言学）， 1 个博士点（英语语言文学）。新闻传播学院有新闻学系、广告学系两个系，传播研究所、品牌与广告研究所两个研究所。法学院有法学学科博士后流动站，同时还是法律硕士专业学位（ JM ）全国试点单位之一。公共事务学院有1 个公共管理硕士（ MPA ）专业学位、 4 个本科专业（政治学与行政学、行政管理、社会学、社会工作）。国际关系学院有国际政治专业。经济学院规模最大，有经济学、财政学、税务、网络经济学、金融学、金融工程、保险、统计、信息管理与信息系统、国际经贸、市场营销专业。管理学院共设有 4 个系（会计系、企业管理系、管理科学系、旅游管理系）、四个中心 (MBA 教育中心、高级管理教育中心、 MPAcc 教育中心、物流与项目管理工程教育中心 ) 和 5 个研究所（会计发展中心、现代管理科学研究所、人力资源研究所、财务研究与发展中心、旅游管理与规划研究所）。数学学院数学与应用数学、信息与计算科学专业。物理与机电工程学院物理学、微电子学、电子信息科技、测控技术与仪器、机械设计制造及其自动化、飞行器动力工程专业。化学化工学院化学、化学生物学、化学工程与工艺、生物工程专业。材料科学与工程学院设有材料科学与工程本科专业，生命科学学院有生物科学、生物技术、生态学专业。海洋与环境学院海洋科学、海洋技术、环境科学。信息科学与技术学院计算机科学与技术、自动化、电子工程、通信工程、智能科学与技术专业。软件学院软件工程、数字媒体艺术专业。筑与土木工程学院建筑学、土木工程、城市规划。医学院本科专业设有五年制临床医学专业、预防医学专业、中医学专业和四年制药学专业、护理学专业，硕士学科点有药物化学、药理学、内科学、外科学、肿瘤学、生理学和微生物学等 7 个学科。艺术学院有艺术设计、绘画与美术学、音乐学、音乐表演。