芝加哥洛约拉大学建于1870年6月30日，初名为圣伊格内修斯学院（St. Ingnatius College）。

学校原本位于伊利诺伊大学芝加哥分校附近。1908年学校在更名成为芝加哥洛约拉大学。1912年校区开始转到今密西根湖畔的校址。在最早成立的文理学院之外，芝加哥洛约拉大学于1908年成立法学院；1909年成立斯特里奇医学院（Stritch School of Medicine）；1922年成立商学院，该商学院今改名为迈克尔·R·昆兰商学院（Michael R. Quinlan School of Business；1923年成立牙医学院（Loyola University School of Dentistry），该学院于1926年合并入芝加哥口腔学院（Chicago College of Dental Surgery）从而扩大了办学规模。此后该学院又于1935年合并入洛约拉大学的护理学院（School ofNursing），该学院是第一所在伊利诺伊州被完全认可的护理学校。洛约拉大学的预科学校早先位于洛约拉大学湖畔校区历史最悠久的邓巴奇礼堂（Dumbach Hall），1957年则迁至维尔美特（Wilmette）。在1962年，芝加哥洛约拉大学在罗马建立了约翰·菲利斯文理学院（John Felice Rome Center for Liberal Arts），成为首家在罗马投资建立学生项目的美国大学。1969年，洛约拉大学成立教育学院（School of Education），同年大学在临近芝加哥的梅伍德（Maywood）地区建立了新的医学研究中心。1991年，洛约拉大学从圣母玛利亚修女会（Sisters of Charity of the Blessed Virgin Mary）购下了邻近的芒德莱恩学院（Mundelein College）。1993年，洛约拉大学关闭了梅伍德校区的牙医学院。芝加哥洛约拉大学曾经一度出现学校财政方面的问题。 2011年6月11日在超过50000名捐助者的帮助下，学校达到了5亿美元的筹资的目标，从而用于今后学校的建设和发展。该活动共筹得逾5.3亿美元，并比预计提前两年完成。 学校目前在开展一项名为“Reimagaine”的建设活动，项目由多个工程组成，预计建立多个新的宿舍楼，学生中心，教学楼，并将对原有的设施，场馆进行重建，从而改善洛约拉学生的校园生活质量及师资力量。今日，芝加哥洛约拉大学致力于建成全美一流大学。2006年《芝加哥论坛报》（Chicago Tribune）的一篇文章将此举为“湖岸边的奇迹”（The miracle along the lake）。