邓肯在大学二年级时，一场对阵华莱士的比赛中，邓肯独得25分。

1997年，邓肯场均得分达20.8分，场均篮板达14.7个并赢得NCAA的约翰壶特大奖。成为了维克森林大学的 最佳运动员。邓肯是NCAA的历史上第十个在大学期间同时获得超过2000分和1500个篮板的篮球运动员，也成为第一个同时达到1500分、1000个篮板、400个盖帽和200个助攻的篮球运动员。