2003年5月26日，经教育部批准，厦门大学嘉庚学院正式创办。

2003年9月，厦门大学嘉庚学院迎来首批7个系、9个专业的458名新生。厦门大学校长、嘉庚学院董事长朱崇实莅临嘉庚学院指导迎新工作。仅4年后，嘉庚学院就发展成为一个万人学府。2003年11月，厦门大学嘉庚学院首次举行院长与学生对话会，院长与学生“亲密接触”，为学生答疑解惑。院长与学生对话会已经成为嘉庚学院颇具特色的常规活动。2005年6月，厦门大学嘉庚学院在福建省首开先河，举办“校园开放日”。每年6月的第三个周末举办“校园开放日”是嘉庚学院的传统。2005年6月，中国独立学院协作会成立，嘉庚学院被推选为副理事长单位。2005年7月，厦门大学嘉庚学院与英国赫尔大学（University of Hull）签订合作协议。这是嘉庚学院首次与海外高校正式合作，由此拉开了学校国际化办学的序幕。2007年1月，厦门大学嘉庚学院在国际商学院开设国际班，实施纯英文教学。国际班是嘉庚学院因材施教、实施个性化教育的一个范例。2007年7月，王瑞芳院长当选全国高等学校教学研究会独立学院专门委员会执行主任，戴一峰副院长当选专门委员会委员。2007年12月，厦门大学嘉庚学院全面启动人才培养方案的修订工作以及教学大纲的数据库建设，并编写各学科专业修读指南，强力推进教学改革。2008年2月，厦门大学嘉庚学院改革体育教学模式，实施体育教学俱乐部制。2008年6月，厦门大学嘉庚学院首次启动实践教学周，实践教学周被安排在每个学年的最后两周，以强化对学生实践能力的培养。2009年3月，厦门大学嘉庚学院首次参评福建省教学质量与教学改革工程建设项目，成功获评7个省级项目，居全省独立学院之首。2009年4月，厦门大学嘉庚学院首次召开实践教学工作总结与经验交流大会，强力推进实践教学。实践教学是嘉庚学院教学改革与创新的突破口，是嘉庚学院办学的一大特色。2010年7月，厦门大学“倾听信任——校长有约”活动走进嘉庚学院。厦门大学校长、嘉庚学院董事长朱崇实与嘉庚学子进行了开诚布公的交流。2010年7月，厦门大学嘉庚学院被中国独立学院协作会授予“全国先进独立学院”称号。2011年11月，厦门大学嘉庚学院顺利通过学士学位授权评审，被增列为学士学位授权单位，36个专业增列为授权专业。2011年12月，厦门大学嘉庚学院问鼎“2011中国最具品牌价值独立学院”排行榜榜首。2012年，嘉庚学院再次蝉联该排行榜榜首。2012年3月，厦门大学嘉庚学院成立创新创业教育孵化中心。该中心从筹建之初就与美国密苏里大学堪萨斯城分校亨利布劳克管理学院（UMKC Henry W.Bloch School of Management）密切合作，致力于培养传承嘉庚精神的未来企业家。2012年3月，厦门大学嘉庚学院在全国独立学院中率先成立教师发展中心。2012年6月，厦门大学嘉庚学院首次自授学位，由之前的授予厦门大学学士学位改为授予厦门大学嘉庚学院学士学位。2013年3月，厦门大学嘉庚学院获得福建省“语言文字规范示范校”称号。2013年4月，厦门大学漳州校区陈嘉庚先生铜像落成。2013年10月20日，厦门大学嘉庚学院庆祝建校10周年，4200多名校友（占校友总数的四分之一）从全球各地汇聚嘉庚学院。校庆当天，占地约4万平方米的水上音乐广场正式启用。2013年3月29日，厦门大学嘉庚学院与荷兰温德斯海姆应用科学大学（Windesheim University of Applied Sciences）签订了免费交流生项目合作协议。根据协议，双方学生可以到对方学校免费学习一学期的课程。2014年12月3日，主题为“精品连接未来”的2014“回响中国”腾讯网教育年度盛典在北京举行。在这次盛典的教育产业价值榜评选中，厦门大学嘉庚学院荣登最具知名度独立学院榜首。2014年9月，厦门大学嘉庚学院与厦门大学联合培养的首批硕士研究生入学，共计9个专业24名硕士生。这24名联培生将与厦门大学同期录取的同类同专业（方向）研究生实施同样的人才培养方案，学成毕业时，由厦门大学颁发毕业证书和学位证书。2015年4月2日，厦门大学嘉庚学院幼儿园（厦门大学幼儿园漳州校区分园）顺利竣工，落成揭牌。幼儿园项目是嘉庚学院一项重要的民生工程，参照省级示范园的标准建设，占地约1.5万平方米，总造价2800万元，规划16个班，可容纳近500名儿童。