生物工程专业国内比较好的传统上是清华大学，北京大学，中国农业大学，西安交通大学，吉林大学，厦门大学，浙江大学，中国科大，复旦大学，上海交通，四川大学，南京大学，南开大学，武汉大学近年进步都很快。华中农大，南京工业大学，中国药科大学，江南大学，华东理工大学这些也还不错，虽然不如上面那些985高校。