读硕士论文时，电子档做笔记有以下几种方法：

1. 高亮和下划线：大多数电子书阅读器都有高亮和下划线的功能，你可以通过这些功能来标记重要的信息。

2. 添加注释：你可以在电子书中添加注释，记录你的想法和问题。

3. 制作书签：你可以为重要的页面制作书签，方便以后查阅。

4. 使用电子笔记软件：有一些电子笔记软件可以与电子书阅读器同步，你可以在这些软件中做笔记，例如Evernote、OneNote等。

5. 截图：如果你需要保存一段特别重要的文字，你可以选择截图保存。

6. 制作思维导图：如果你的论文内容比较复杂，你可以尝试用思维导图的方式来整理你的笔记。7. 使用专门的文献管理软件：如EndNote、Mendeley等，这些软件可以帮助你管理和整理你的参考文献，同时也可以做笔记。记住，做笔记的目的是帮助你理解和记忆论文的内容，所以你应该选择最适合你的方法。