文章除了回忆藤野先生这条明线外,本文还有一条内在的线索,就是作者爱国主义的思想感情变化.很多材料,如写东京清国留学生赏樱花、学跳舞,写赴仙台途中对日暮里和水户的深刻印象,写在仙台收到有待，写仙台医专日本“爱国青年”寻衅和看电影事件,写作者弃医从文,这些事都是与藤野先生无关的，但都围绕这条内在的线索.因此,文章篇幅虽长却脉络分明,材料虽多却井然有序