北师大版初中数学最难的是未知数的问题。

在这个阶段，学生刚刚接触到代数概念，解方程习题往往是他们最头疼的地方。解方程需要学生掌握代数表达式的变化规律，运用逆运算等解题方法，同时也要懂得如何应用方程来解决实际问题。这个过程不仅要求学生良好的数学基础，也需要他们具备逻辑思维、分析能力和数学抽象思维。掌握解方程的方法和思维方式对学生来说是一个重要的突破，挑战了他们的数学能力和思维能力，因此可以认为北师大版初中数学中最难的问题就是关于未知数的方程问题。