团员档案是组织关系档案，学籍档案是学生身份认证的凭证。

前者是政治面目，后者身份证明。前者记录的是入团的个人信息，后者是个人简历，一般团员档案是随学籍档案一起，跟着本人升学走向社会，之后学籍档案就没有用途了，而团员档案可以随本人进工作单位，一直到团员规定的年龄。之后身份就不是团员了。