水资源与环境学院前身是原北京地质学院水文地质及工程地质系，成立于1952年。

为适应学科发展需要，1992年改名为环境科学系，1998年校内院系调整后，称为水资源与环境工程系。2002年更名为水资源与环境学院。学院现有专业横跨3个一级学科:环境科学与工程、水利工程、地质资源与地质工程。设有3个本科专业：环境工程、水文与水资源工程、地下水科学与工程，每年招收约140名本科生；设有水文学及水资源、环境科学与工程、地下水科学与工程、地质环境与工程硕士和博士专业，招收生物化学及分子生物学硕士研究生，招收水利工程、环境工程、地质工程工程硕士。每年招收硕士研究生约140名、博士研究生约30名和工程硕士约30名。“环境科学与工程”、“水利工程”学科为一级博士授权，并设有博士后流动站；水文学及水资源为北京市重点学科，地下水科学与工程专业为***第一类特色专业和北京市特色专业。学院有教职工50人，其中专职教师45人，包括20名教授（博士生导师15人）、10名副教授，拥有国家“千人计划”海外学者2人，国家杰出青年基金获得者1人。2012年2名教师申请“国家留学基金委青年骨干教师出国研修项目”获批；2名教师通过国家留学基金委的国家公派高访学者审批；8人参加国际会议，1人获得国家优秀青年科学基金，6人获得其他奖项。学科建设方面，“地下水科学与工程”本科专业作为特设专业，正式列入教育部2012年9月颁布的“普通高等学校本科专业目录（2012）；将“水文地质学”增列为学校“地质学”一级学科下自主设立的二级学科；“水文学及水资源”获批北京市重点学科遴选重点支持学科；“水利工程”博士后流动站获批。教学工作方面，2012年学院完成70门本科课程的教学任务，125人获得学士学位；录取143名硕士研究生和36名博士研究生。地下水科学与工程本科专业获批北京市本科教学工程专业综合改革试点项目；获3项校级教学成果奖。学院现有水资源与环境工程北京市重点实验室和地下水循环与环境演化教育部重点实验室，设有17个分室。面积3200余平方米，仪器设备总价值在2400万元以上，为学院师生开展实验和科研工作创造了重要的平台。近年来，学院承担了一批国家重大攻关项目、国家自然科学基金项目和省部级重大项目，获得省部级二等奖以上奖项9项。在地下水科学研究领域中，特别是裂隙水渗流、地下水污染控制、地下水资源评价与管理、地下热水、海岸带地下水、水处理技术等处于国内领先或先进水平，并广泛开展了与美国、加拿大、以色列、德国、荷兰、南非等国家在科研和人才培养等方面的国际合作。2012年，学院新增科研经费2700万元，获批7项国家自然科学基金项目，获得2项教育部高校博士点基金项目，学院师生发表国际SCI论文21篇。2012年承担申请地质环境示范基地与周边历史文化研习营教育部直属高校重点对台教育交流项目，并成功接待 中央大学和成功大学的38名师生交流，达成亚洲5国（地区）7校研究生教育联盟的框架协议。学院为国家培养了大批专业技术人才，共计有各类本科毕业生约4500人，博士近300名，硕士近700名。毕业生就业单位有国家部委，如国土资源部、环境保护部等；国家及地方企事业单位，如国家环境监测相关单位、专业规划设计研究院、地方水文工程勘察设计院等。所培养的学生中有不少成为著名的专家学者，如中国科学院院士汪集旸和程国栋、中国工程院院士卢耀如等。2012年学生获全国大学生数学建模竞赛北京市二等奖1项，全国大学生英语竞赛二等奖4人，北京市大学生英语演讲比赛三等奖1人，北京市大学生物理实验竞赛二等奖1项，三等奖1项。第十届“创新杯”大学生课外学术科技作品一等奖1项，二等奖1项。2人获得北京市优秀博士论文奖；8人被派往美国、日本、德国、加拿大攻读博士学位或联合培养；3名研究生赴日本参加第五届中日研究生论坛，其中有1名获得了特别奖，1名获得最佳演讲奖。在第十九届研究生优秀学术报告会中，学院共荣获一等奖1项、二等奖1项、三等奖2项。2012年学院分党委完成换届，60周年校庆成功举办2场优秀校友报告会、9场学术报告、“迎校庆校友联欢晚会”，完满地完成了校庆各项活动。