三峡水库主汛期(7—8月中旬)，长江上游来水偏枯，三峡水库按照新调度规程，科学开展中小洪水调度。
8月下旬，长江上游发生较大秋汛，三峡水库充分发挥拦洪削峰作用，保证长江中下游防洪安全。整个汛期三峡水库共拦蓄7场洪水，累计拦洪约286亿立方米，有效减轻了长江中下游防洪压力。由于前期来水偏枯，水库蓄水形势较为严峻，三峡水库结合拦洪运用抬高起蓄水位，于9月10日正式启动2021年蓄水工作，计划10月下旬蓄满，完成三峡工程竣工验收后首次蓄水任务。前三季度，三峡船闸安全稳定高效运行，三峡船闸运行7425闸次，过船29712艘次，通过旅客7254人次，过闸货运量约1.1亿吨(同比2020年增加11.3%)，主要设备完好率100%。
