海关没有权利损毁个人护照。

护照是一个人出入境的必须凭证，由国家移民局出入境管理部门核发。如果一个人护照出现问题或者护照持有人被海关、警察等行政执法人员检查，最多也只是暂时扣押，情况解除后，立即归还，当出现需要收回情况时也应该通知出入境管理部门，由出入境管理部门办理相关手续后收回或注销。