网上申请港澳通行证流程和方法如下1、登录出入境网站，按提示要求填好相应内容；

2、在申请的第四个工作日后，可登录网站查询申请是否已受理；

3、申请受理后，可以在第10个工作日后，凭有效的港澳通行证、身份证、申请回执编号到市公安局出入境管理处领取签注。

网上申请获得审批通过后，要制作签注，必须按规定交费用。