两个都可以在日本长住，进入日本的时候都不需要再办理日本签证。

区别在于：

1、日本国籍是指已经是日本公民，也就不再是中国公民了，再进入中国的时候要办理中国签证。

2、日本绿卡，即日本永久居留证是指你可以在日本永远的长住，可以无限次的进出日本，不需要再办理日本签证。但你还是中国人，进入中国时也不需要办理中国签证。永远居留不享有国民待遇，这并不是什么大事，比如日本的兵役。国民必须遵从，而永久居留就不用。希望对你有帮助。