至于黑种人的起源，以前认为非洲的黑人起源于非洲西部，然后向南迁移。
但根据科学家的考证研究，1983年报道说，在南非瓜祖卢（Kwazulu）的边界洞（BOrderCave）中发现了据说是11万年前的一个破碎的成人头骨，两个成人的颌骨和一个婴儿的骨骼，具有现代黑人的性状，结合其他的证据，从而认为非洲最早的黑人起源于非洲南部，然后再向北向西迁移的。除以上不同说法外，更引人发生兴趣的是美国又有学者提出，不管黑人还是白人都起源于亚洲的看法，理由是在18 36万年前，他们都具有相似的遗传基因。据美国加利福尼亚大学的布朗博士（生物化学）通过解析人体细胞中的线粒体这个小器官的遗传基因的研究，得出了不管黑人、白人还是黄色人种，如果追溯到18万年到36万年前，可以发现是同一个祖先的结论。现代人的祖先是谁，这是人类学的重要谜团之一。而根据在分子生物学方面的研究，发现“现代人的遗传基因和亚洲猴相近”，布朗博士的发现似乎成了论证“不管黑人白人，其祖先都起源于亚洲”这一说法的有力证据。“线粒体”是细胞内的“能源供给工厂”，具有独自的小遗传基因。布朗博士从13名白人、4名中国人、4名黑人共21人的细胞里取出线粒体基因，用18种酶切碎，把基因组成型作比较。结果，每种型的片断的组成要素出现了和每个人种非常相似的型。因此认为“人种间的差别是由于在漫长的岁月发生突然变异而造成的”，计算据认为遗传基因是共同的时期，如果认为18万年到36万年前具有共同的线粒体基因，是合乎逻辑的。人类的祖先是惟，至今也不是那么清楚。有些学者认为，尼安德特人的化石虽然在欧洲和西亚大量出上，但其形态和现在的人有很大差异，所以，是否是现代人的直接祖先值得怀疑。
