1881年（明治14年）6月13日东京物理学讲习所设立9月11日东京物理学讲习所在私立稚松（わかまつ）小学校（鞠町区饭田町四丁目1番地）内设立。

年末 转移到大藏省官吏簿记讲习所（神田区锦町一丁目）。1882年（明治15年）转移到进文学舎（本乡区元町二丁目）。11月取得了神田区今川小路三丁目9番地的校舍（神田神保町三丁目）、教员们共同拥有土地。1883年（明治16年）9月改名为东京物理学校1884年（明治17年）9月15日因台风校舍垮塌。不久之后、共立统计学校（位于九段下牛ケ渊）的校舍重新开始教授。1885年（明治18年） 缔结维持同盟规则。1886年（明治19年）9月转移到成立学舎（神田区骏河台淡路町），指导科目中加入了化学、但因化学有火灾危险的理由而被强行撤销11月 转移到法文会校舎（神田小川町1番地。千代田区神田小川町二丁目）。这个校舍是属于东京法学校的建筑物、并被法文会借去，白天被东京法语学校使用、夜间为本校使用。1888年（明治21年） 举行初次毕业式。1889年（明治22年）9月 初次设立日间课程（不久后中止）。11月 购买下法文会的校舍。1897年（明治30年）2月设置了日间部。1906年（明治39年）7月转移到竣工的木质新校舍（神乐坂二丁目24番地）1915年（大正4年）5月26日设立财团法人东京物理学校。1916年（大正5年）3月26日从各种学校升格为专门学校。1923年（大正12年）4月设立了夜间部，实行第一部（昼间部）和第二部（夜间部）的二部制。1928年（昭和3年）10月21日修造了寺尾文库（图书馆的前身）。1937年（昭和12年）10月 落成了今天的旧1号馆校舍。1938年（昭和13年） 制定了校章、制服、制帽。从这时候开始，昼间部成为主体。1939年（昭和14年） 制定创立记念日（6月13日登载了设立广告）。1940年（昭和15年） 制定校歌。1942年（昭和17年） 在东京都北多摩郡府中町字国分寺前购买了大学预科敷地（约6万平米），日后作为操场。1943年（昭和18年） 在八王子西中野町购买了废弃物工地和土地共700平米作为大学预科校舍，之后成为了农业理科学科的学生宿舍。1944年（昭和19年） 根据文部省的指示、废止了无试验入学制度。1946年（昭和21年） 在八王子郊外取得了作为农业理科学科校地的土地约80,900平米。1948年（昭和23年） 八王子郊外的校地，基于自作农创设特别措施法而被强制买走。1949年（昭和24年）2月21日因学制改革而设立了东京理科大学。设有理学部第一部（昼间部）和理学部第二部（夜间部）。从这起一直到1951年、大学生（东京理科大学）和、专门学校生（东京物理学校）是混校的。5月4日举行了东京理科大学首次入学式。7月名称从财团法人东京物理学校改为财团法人东京物理学园。1950年（昭和25年）3月 废止农业理科学科。1951年（昭和26年）3月1日因私立学校法而变更了组织，由财团法人东京物理学园变成学校法人东京物理学园。3月10日举行了东京物理学校最后的毕业式（第100回毕业式）。3月31日専门学校东京物理学校废校。1957年（昭和32年）作为修完关门制度（进入二年级时的特定科目）的义务，设定了的毕业至少需要的学分数，来作为四年级中履修毕业研究的资格1958年（昭和33年）将国分寺校地（グラウンド）卖给东芝。4月1日设置大学院理学研究科（修士课程）。1960年（昭和35年）4月1日 设置药学部。1962年（昭和37年）4月1日 设置工学部。1966年（昭和41年） 野田校舎（野田校区）竣工、设置了工学部的一部分。1967年（昭和42年）4月1日 野田校舎设置理工学部。1976年（昭和51年）4月1日 神楽坂校舎设置工学部第二部作为工学部的夜间部。1987年（昭和62年）4月1日 野田校舎设置基础工学部。1988年（昭和63年）4月 名称改为“学校法人东京理科大学”。1993年（平成5年）4月1日 久喜校舍竣工。在久喜校舎设置经营学部。1997年（平成9年）4月1日 久喜校舍设置了经营学研究科作为大学院修士课程。2001年（平成13年） 学校英语名由Science University of Tokyo改为现在的Tokyo University of Science。2002年（平成14年）4月1日 理学部的応用数学科改组为数理情报科学科。2003年（平成15年）4月1日 薬学部从神乐坂校舍转移到野田校舎。2004年（平成16年）7月 得到了位于九段的旧都市旧盘整备共团的土地和建筑（九段校舎）。与神楽坂校区形成了2校舎体制，所以其他的“校舎”被记为“キャンパス”（Campus）。2006年（平成18年）4月1日 因药学教育改为6年制的原因，药学部药学科改为6年制。2009年（平成21年）3月26日和葛饰区缔结了新校区约30000平米用地的土地让渡契约，设立葛饰校区4月1日 开设INSInnovation专攻2013年（平成25年）4月1日 葛饰区新宿新校区落成。