东京理科大学有五个校区，分别是神乐坂校区、葛饰校区、野田校区、久喜校区和长万部校区。

神乐坂校区和葛饰校区位于东京都，是理学部第一部、理学部第二部、工学部第一部、工学部第一部和理学专攻科所在地；野田校区位于千叶县，那里有药学部、理工学部和基础工学部二年级以上的学生；久喜校区位于琦玉县，经营学部设在这里；长万部校区位于北海道，基础工业学部一年级的学生在这里学习。