城中村改造对户口性质区别对待是合法的，我国户口性质分为农业户口和非农业户口，依据的法律、法规不同，导致的补偿也略有差异。

城中村改造还将完成对生态环境、违法建设、“散乱污”场所的全域治理，提升人居环境品质，《工作方案》要求，按照五年行动方案。城中村改造对户口性质区别对待合法的，城中村的建筑大多建设在自家的宅基地上，有着完整的土地使用权和部分房屋产。