可以通过以下步骤在支付宝中查询港澳通行证办理进度：

1. 打开支付宝，搜索“移民局”进入移民局小程序。

2. 在移民局小程序页面中，点击“业务查询”。

3. 下拉找到“办理进度查询”选项，点击进入。

4. 输入通行证号码等相关信息，即可查询港澳通行证办理进度。希望以上信息可以帮助到你，如果还有其他问题，请随时告诉我。