水库移民项目证明申请内容如下：

1、写明水库移民项目申请人的详细信息；

2、写明移民的具体原因；

3、将水库移民项目的具体内容附录；

4、写明申请的具体请求等。

根据相关法律规定，移民经费的使用，实行分级包干责任制。省级人民政府对经国家批准的淹没实物指标和移民安置规划方案负责包干；各级有关地方政府，按上一级政府分解的经费包干使用，包干完成水库淹没处理和移民安置任务。