1903年11月，王嘉伟、蒋尊簋、陶成章、魏兰、龚宝铨等革命志士在日本东京讨论成立光复会一事。

后魏兰、陶成章回到上海找蔡元培商议，终于将光复会成立的事情定了下来。为了慎重其事，推举颇有名望和社会地位的蔡元培担任光复会首任会长，陶成章任副会长。不久，光复会就吸收了徐锡麟、秋瑾、章太炎等能人异士数百人，势力遍布江浙及东南亚，成为一支具有巨大影响力的革命队伍。1905年，光复会全会并入中国同盟会，蔡元培被孙中山委任为同盟会上海分会负责人。虽然如此，但大部分的光复会成员还是独立于同盟会进行革命活动。由于革命手段多倾向于刺杀、暗杀满清王朝政治要员，光复会成为同盟会中最让满清朝廷切齿痛恨而又惧怕的革命团体。其领导人陶成章的名言：革命就是造反，改朝换代！1907年5月，由于和光复会同志有分歧，蔡元培在满清政府驻德国公使孙宝琦的帮助下，远赴德国莱比锡大学学习，时间长达四年。此时光复会的实际领导人为陶成章、徐锡麟、章太炎等人。