主要有生物医学工程系和生物科学系。

北京航空航天大学生物与医学工程学院，前身为2001年成立的原生物工程系，2008年成立学院。在“211工程”和“985工程”的重点支持下，经过高水准规划、高起点建设、高层次人才引育，学院已成为中国一流的生物医学工程学科点，2012年教育部一级学科排名全国第六，是一所与国际一流大学紧密接轨的人才培养单位。