北京学校集体户口出生证明的办理流程如下：携带孩子父母的身份证、结婚证、户口本、孩子的出生医学证明、生育证（准生证）等相关证明原件及复印件到所在地派出所户籍室。

户口所在地派出所户籍窗口打印户籍证明，并给父母双方签发《新生婴儿户籍常表》。需要注意的是，北京学校集体户口的户口卡即集体户口本内页，是户籍证明，不办卡也能上学。如果想要转业回原籍的话，可以向户籍所在地的派出所申请办理户口迁移证。