华东交通大学和重庆交通大学都是知名的交通大学，各有优势和特点。

下面是一些简单的比较：学科专业：华东交通大学主要以交通运输、土木工程、机械工程等学科为主，而重庆交通大学则以水利工程、土木工程、交通运输等学科为主。因此，两所学校在学科专业上略有差异。学校规模：华东交通大学目前有本科生10000余人，研究生3000余人，而重庆交通大学则有本科生16000余人，研究生3000余人。因此，重庆交通大学的规模相对较大。学科排名：根据教育部发布的全国高校学科评估结果，华东交通大学在交通运输工程、土木工程、机械工程等学科领域排名较为靠前，而重庆交通大学则在水利工程、土木工程、交通运输等学科领域排名较为靠前。综上所述，两所交通大学各有特点和优势，具体选择应根据个人兴趣和需求来决定。