云南农业大学建筑工程学院下设4系2中心1院1室：即土木工程系、建筑系、市政与环境工程系、建筑电气与信息工程系；云南农业大学建筑工程检测中心、云南农业大学节能减排检测与研究工程中心；云南农业大学城乡规划设计研究院；学院中心实验室。

现招收建筑环境与设备工程、工程造价、建筑学、土木工程、工程管理、工程管理（建筑工程方向）、工程管理（项目管理方向）等本科专业及农业推广硕士工程管理方向的研究生，与云南省建设厅、云南建工集团有限公司等建设行业龙头开展实践基地建设，目前建有30余个专业教学实践基地。