两所学校实力差别不很大，新疆大学综合实力更强些。

新疆大学工科更好点，石河子的农林和经济方面更强些。我觉得你可以根据自己希望报考的专业去选择学校，选择你报考专业实力更强、氛围和底蕴更好的学校。石河子大学优势学科：农业工程、作物学、园艺学、畜牧学、农林经济管理国家重点学科（1个）：作物栽培学与耕作学。国家重点学科培育点（1个）：农业经济管理。自治区级重点学科（13个）：作物栽培学与耕作学、应用化学、化学工程与技术、作物学、植物保护、农业机械化工程、农业水土工程、畜牧学、园艺学、病理学与病理生理学、预防兽医学、农业经济管理、生物化学与分子生物学。作物栽培、农业经济管理、农业机械化、园艺园林等都值得推荐------------------------------新疆大学优势学科：理论经济学，马克思主义理论，中国语言文学，数学，化学，地理学，生物学，机械工程，电气工程，计算机科学与技术，化学工程与技术。机械、电气、计算机、经济学都是很不错的专业和行业，钱景好