南京师范大学研究生院设有教育学、心理学、体育学、文学、历史学、理学、化学、生命科学、地理学、环境科学、信息科学与技术、马克思主义理论、法学、社会学、公共管理、旅游管理、音乐与舞蹈学、美术学等学科的硕士、博士研究生教育。

同时，研究生院还设有教育硕士（师范专业学位）、工程硕士、MBA、MPA、MTI、MFA等专业学位研究生教育。