经济系属于经济学院，经院现在大类招生，除了经济系还有金融系国贸系统计系财政系厦门大学经济学系拥有理论经济学一级学科博士学位授予权，即一级学科涵盖下的所有二级学科均可招收博士研究生，设有博士后流动站，并获得理论经济学一级学科国家重点学科称号。下设二级学科硕士专业为：政治经济学、经济思想史、西方经济学、经济史、人口、资源与环境经济学和发展经济学、管理经济学(自主设置专业)。经济学系本科专业为经济学，该专业是教育部选定“国家经济学基础人才培养基地”之一，每年有30%—50%的毕业生被推荐免试攻读硕士学位。经济学系现设政治经济学、经济思想史与经济史、西方经济学、人口资源与环境经济学等教研室，设有“当代马克思主义经济学”研究中心。