有抵税扣这一类补贴的，废品回收企业的增值税实行先征后退。

因废品回收企业不能取得增值税进项税发票（指收购废品业务时），可凭税务局批准使用的收购凭证上注明的收购金额，依10%的扣除率计算进项税额抵扣。因是一般纳税人，所以其他一般纳税人所能抵扣的进项税，废品回收企业都可以抵扣。不过每个地方额外的补贴都不一样，例如上海根据《上海市虹口区低附加值生活垃圾可回收物补贴实施细则》：对企业在本区内回收利用的低附加值生活垃圾可回收物按照回收总量给予补贴，用于市场价格补贴以及对分类、回收、转运、处置等环节投入的支持。补贴标准按照上海市生活垃圾处置费221/吨执行。等等