历史上，印尼曾是荷兰的殖民地，而菲律宾则是西班牙和美国的殖民地。

两国人民都带有南岛民族血统，但每一个少数民族都拥有自己独特的文化。两国分别深受西班牙和荷兰文化的影响，其成立也具有浓郁的殖民气息。相对而言，荷兰殖民者更加“尊重”当地的风俗文化，因此更多地保留了印尼的一些传统习俗。不过他们还是通过现代化建设对方方面面进行了西化。