是有编号的。

1. 1999年大学毕业证书使用编号是因为当时还没有数字化管理，通过编号可以便于区分不同学生的毕业证书。

2. 在毕业证书上有编号也可以保证证书的唯一性和真实性，方便学生使用和单位查询。

3. 目前各大高校都在使用毕业证书编号，而且还有防伪措施等，防止证书被伪造或者冒用。