你好！你说的这种情况有两种处理方法：1，你的签证是单次签证的，入境后自动失效，长期在留资格持有者的有效滞在手续是【在留卡】，以此为准，凭此出入境。

所以这种情况不需要补办留学签证。2，你的签证是多次往返签证的，离开日本时系统有记录，也是不会影响。但是再次反回，可能需要重新申请签证或者到使领馆加注。希望我的回答对你有帮助。