济宁市通行证可以在济宁市政务服务网上进行申请。

原因是，政府推行“互联网+政务服务”导致政府在服务业务上进行了大量的数字化转型，市民可以在网上进行申请、查询、领取等操作，节省了很多时间和精力。具体，市民可以在济宁市政务服务网上填写相关信息，如身份证号、姓名等，并上传相关材料，通过审核后即可领取通行证。不仅方便了市民，还可以减少不必要的人员聚集，降低了疫情传播的风险。