以你的描述来看，你应该还在国内，如果是在日本的话，根本不涉及在留问题。

再日本的话，只要更换签证就可以了。在国内收到日本大学的通知书以后，准备好一切递交入管局的材料，邮寄到日本你的委托人也好，或者日本校方有人也可以，帮你递交入管局，等待入管局的审核，这个审核的过程是非常的严格的，但是只要你的条件都达到他的要求的话，拿到在留还是没有什么大问题的，毕竟日本的签证率和其他国家比起来还是相对于很高的。入管局审核合格之后，发给你在留资格证明书，找你的委托人邮寄给你，你再去所在管辖的大使馆申请签证，签证到手就可以准备去日本啦。