港澳通行证有两种，一种是纸质的，一种是电子港澳通行证。2014年9月15日，全面启用电子往来港澳通行证。

纸质港澳通行证（已停止使用）证件号W开头，有效期为5年电子港澳通行证（新版卡式）证件号C开头，有效期为10年

港澳通行证是卡式的。

电子往来港澳通行证为参照有关国际标准设计制作的卡式证件，内部嵌有非接触式集成电路芯片，存储持证人个人资料及证件、签注签发管理信息，采用成熟的数字安全防伪机制进行保护，印制过程中还使用了多项物理防伪技术，防伪能力明显增强。