第一，教学性质不一样中外合作大学，一般也都是国内公办大学和国外公办院校联合办学的项目，所以在性质上通常也都属于公办性质，与国内公办大学的区别是它的教学性质不一样。

合办大学是国内与国外师资力量联合教学，学员可以享受到国际化教育，多数院校中外合作办学以国外教育为主，以国内教育为辅，二者相辅相成。第二，所获证书不一样公办大学和中外合作大学所获的证书也是不一样的。中外合作大学获得的证书是由国外院校颁发，尽管学员有可能是在国内学习，但学习这种中外合作的专业，毕业之后证书都由国外院校所颁发，所以这也能让学员不出国就能获得国外教育。第三，学习过程不一样国内公办大学和中外合作大学的学习过程也不一样。首先报考流程上，合作大学通常是免联考可以入学的，国内公办大学需要参加全国研究生考试；其次，中外合作大学的学习过程一般分为国内和国外两个阶段，也有一些院校全在国内学习、也有一些院校一直在国外学习，这就看学员是如何报考了；最后，证书获取的过程也是不一样的，一些国外院校学员在读之后，经过校内的考试和国外一些教育机构的测评考试，通过之后就能得到硕士，所以过程上相比国内研究生是有区别的，总体上来看合作办学更容易拿到证书。