京都大学拥有10个学部和18个研究科，分别是人类综合学部、文学部、教育学部、法学部、经济学部、理学部、医学部、药学部、工学部、农学部以及文学研究科、教育学研究科、法学研究科、经济学研究科、理学研究科、医学研究科、药学研究科、工学研究科、农学研究科、人类·环境学研究科、能量科学研究科、亚非地区研究科、信息学研究科、生命科学研究科、地球环境学大学院、公共政策大学院、经营管理大学院、综合生存学馆。