1、学费昂贵公办大学的经费是由国家拨款的，拥有各种政府补贴和资助，并不单单靠学生的学费来维持，所以学费压得很低，一般一年的学费在4000—6000元左右，而且公办大学的收费体系比较严格，一般没有额外的费用需要支付。
而民办大学大多都由企业事业组织、社会团体及其他社会组织和公民个人利用非国家财政性教育经费创办的，由于缺少国家补助，学校的运行很大一部分都需要靠对学生收费来维持，因此学费比较高。民办大学每年的学费一般在12000元以上，部分学校甚至能达到18000元，还要加上其他费用，很多家庭都无法负担。
2、教育资源不足虽然不能说所有公办大学的教育资源都好于民办大学，有一些实力强大的民办大学确实拥有非常高水平的师资团队和丰富的学术资源。但由于没有国家经费的资助和政策的扶助，总体来说，大多数民办大学的教育资源还是相对匮乏的。
2、学习氛围较差民办大学大多是传统的三本院校，这些学校招收的是刚过本科线的学生，生源质量比较差。再加上民办大学虽然也是在培养人才，但最终还是以营利为目的，无法专注于对学生的培养，因此学校整体的学习氛围是不如公办大学的，所以读民办大学需要学生有比较强的自律性和学习主动性。
4、文凭认可度较低虽然按照民办教育促进法的说法，民办学历与公办学历有同等效力，可以参加各种考试，而且两者颁发的学历证书确实没有什么区别，但是在就业的过程中，还是能够比较明显地感受到民办学校毕业比公办学校毕业的学生更难就业一些。比如有些工作单位在招聘时，会加上一项“须拥有公办高校学历证书”，另外在能力、工作经验等条件同等的情况下，工作单位也会更倾向于公办学校毕业的学生，民办大学毕业生的就业竞争力较小。
