东京到北京需要飞行三小时是因为它们之间的距离约为2000公里，而飞行速度通常为每小时800至900公里。

除了实际的距离，飞行时间还受到飞行航线的选择、风向风速、气候条件等因素的影响。另外，还需要考虑到飞机在起飞、爬升、巡航、下降和降落等阶段所需的时间。因此，东京到北京飞行三小时是一个合理的时间范围，同时也是航空公司对于航班效率和乘客舒适度的考量。