《藤野先生》记录作者在日本留学时期的学习生活，叙述在仙台医专受日本学生歧视、侮辱和决定弃医从文的经过。

作者突出地记述日本老师藤野先生的严谨、正直、热诚、没有民族偏见的高尚品格，说“他的性格，在我的眼里和心里是伟大的，虽然他的姓名并不为许多人所知道”。表达了对藤野先生深情的怀念。总共记载了这几件事情：

1、“清国留学生”的生活情况2、“我”在仙台的生活情况3、“我”与藤野先生的交往4、匿名信事件5、看电影事件6、与藤野先生道别7、怀念藤野先生