济宁医学院硕士点有临床医学一个一级学科专业硕士点，还有内科学、儿科学、外科学、神经病学、骨科学、妇产科学、临床病理、急诊医学、肿瘤学、耳鼻咽喉科学、眼科学、皮肤病与性病学、临床检验诊断学、放射肿瘤学、放射影像学、超声医学、重症医学、儿外科学、全科医学、运动医学、老年医学、精神卫生学院和精神病与精神卫生学等24个二级学科专业硕士点。