南京港澳通行证办理需要提供相关材料并填写申请表，一般需要提交身份证、户口本、二寸照片等。

在提交申请后，根据不同的情况，办理时间一般为5至10个工作日。如果是紧急需要出行，可以选择加急处理，一般在2-4个工作日内就可以拿到通行证。申请人可以在提交申请后通过南京市出入境管理局官网或电话查询申请进度，及时了解办理的进展情况。