哈佛总共设定了 7 个学院（School），分别是：文理学院（Faculty of Arts and Sciences）； 商学院（Harvard Business School）； 设计研究院（Design School）； 医学院（Medical School）； 牙医学院（Dentistry School）； 法学院（Law School）； 尼曼·格雷厄姆医院（Neman & Graham Hospitals）。

而这些学院下面又各设有许多系所（Department）。 以文理学院的物理学系为例，其下又分为了以下五个小系： 一般大一新生进校之后会和其他同学一起上一些通选课（GAP course），比如数学和自然科学类的微积分、线性代数、物理等，以及人文社科类的世界历史与文化、政治学等。大三的时候会进入专业的学习，然后大四会选一个方向写论文完成毕业。除了这 7 个主要学院之外，还有一个设在医学院的哈金森癌症研究中心（Hutchinson Center for Cancer Research）。 这个中心的研究能力非常强大，曾经培养出 2 位诺贝尔生理学或医学奖得主。如果选择这个中心的研究型硕士项目（M.Sc.），毕业后可以获得申请博士学位的资格。另外，这个项目不需要有生物化学的背景就能申请，比较适合非生物相关专业但又对生物学感兴趣的同学。