南洋理工大学的博士有两种，一种是研究型（M.Sc. by Research），另一种是授课型（M.Sc. by Coursework），这两种都可以申请全奖PhD，但录取比例差别较大，前者几乎百分百获得offer，后者大概只拿到20%左右的offer。

获得offer后，无论是哪种类型，都必须缴纳30%的预付款(deposit)。在入学注册的时候，需要把余下的70%学费缴清。如果学生签证没有获批，则全部费用都退还。学费以新加坡元计算。 所有奖学金获得者必须在收到正式录取通知书后的14天内缴纳学位留位费5000新币，逾期名额将不予保留。

1、全日制课程（Full-time programme）每年大约6890新币。

2、兼读制课程（Part-time programme）每年学费约为4290新币。注意：以上费用包括所有的讲座与指导课程的学费；但不包括研究材料的成本或额外学习支出（如海外交换项目、研讨会等）的费用。若申请者所申请之课程有额外学费，学校将另行通知。